上海自贸区归属于上海海关。上海海关是中国（上海）自由贸易试验区及其临港新片区的监管机构，负责监管区内企业的进出口业务，确保贸易秩序的规范和安全。
上海自贸区作为中国改革开放的重要窗口，其政策创新和制度创新为区内企业提供了更加便捷、高效、灵活的贸易环境。上海海关在自贸区监管中，积极推进制度创新和系统集成，推动更深层次、更宽领域的全方位高水平开放，为服务构建新发展格局发挥重要作用。
上海海关在自贸区监管中，实行了一系列创新举措，如“一线放开”、“二线管住”的监管模式，允许区内试点企业先凭进口舱单信息将货物提运入区，再在规定时限内向主管海关办理进境备案清单申报手续，有效提升了试验区内企业进境货物的流转速度，进一步满足企业对于物流效率的需求。
此外，上海海关还积极支持促进自贸试验区建设，简化试验区内货物流转手续，采取企业自行运输方式，在组成试验区的4个海关特殊监管区域之间形成高效的保税物流监管体系。此举可在提升企业物流效率的同时，有效降低企业物流成本。
总之，上海海关在自贸区监管中发挥着重要作用，通过制度创新和系统集成，为服务构建新发展格局发挥重要作用。
