一、作用不同
1、水利工程：用于控制和调配自然界的地表水和地下水，达到除害兴利目的而修建的工程。也称为水工程。
2、水利水电建筑工程：培养掌握水利水电工程项目建设、现场施工的基本知识和技术，具备中小型水利水电工程勘测设计、施工组织与管理、工程运行管理、水工建筑物检测、从事中小型水利水电工程设计、水利水电工程施工与管理工作、检修及维护等能力的高素质技能型人才的课程。
二、特点不同
1、水利工程：有很强的系统性和综合性；对环境有很大影响；工作条件复杂；水利工程的效益具有随机性，根据每年水文状况不同而效益不同，农田水利工程还与气象条件的变化有密切联系；水利工程一般规模大，技术复杂，工期较长，投资多，兴建时必须按照基本建设程序和有关标准进行。